Services numériques de bioimagerie Université Côte d'Azur/EMBRC-FR/IFB

Cristal collectif du CNRS
De gauche à droite : Sophie Abélanet, Faisal Bekkouche, Sameh Ben Aïcha, Frédéric Brau, Christophe Blanchet.

Lauréats

  • Sophie Abélanet, ingénieure en microscopie - Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaireCNRS/Université Côte d'Azur (IPMC) - Délégation Côte d'Azur - Institut des sciences biologiques (INSB)
  • Faisal Bekkouche, responsable du service soutien à la recherche Informatique, bioInformatique, Imagerie et Infographie (I4) - Laboratoire de biologie du développement de Villefranche-sur-MerCNRS/Sorbonne Université  - Délégation Côte d'Azur - Institut des sciences biologiques (INSB)
  • Sameh Ben Aïcha, ingénieure en microscopie - Institut de la Mer de VillefrancheCNRS/Sorbonne Université  (IMEV) - Délégation Côte d'Azur - Institut national des sciences de l'Univers (INSU)
  • Christophe Blanchet, responsable cellule e-infrastructure - Institut français de bioinformatiqueCNRS/ Inserm/Inria/CEA/Inrae (IFB-core) - Délégation Île-de-France Gif-sur-Yvette - Institut des sciences biologiques (INSB)
  • Frédéric Brau, responsable de plateforme d'imagerie cellulaire - Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire (IPMC) - Délégation Côte d'Azur - Institut des sciences biologiques (INSB)

Initié en 2017, le projet MutImage répond à un besoin essentiel en matière de stockage, d’analyse et de partage d'images biologiques. Développé en partenariat avec l’Institut français de bioinformatiqueCNRS/ Inserm/Inria/CEA/Inrae (IFB), il offre un outil précieux aux laboratoires des sciences de la vie d'Université Côte d’Azur ainsi qu'aux stations marines du réseau EMBRC – France.  

Pour faire face à l’augmentation d‘images générées en sciences de la vie, l’équipe à l’origine du projet MutImage a déployé OMERO, une solution logicielle permettant la visualisation et la gestion d’images de microscopie, sur l’infrastructure cloud de l’IFB. Cet outil, conçu pour le partage des images, permet aussi à la communauté locale de bénéficier plus largement des outils d'analyse d'images développés sur la plateforme MICA (Microscopie imagerie Côte d’Azur) et de les coupler à la puissance de traitement des images disponible dans le cloud de l’IFB (grande taille mémoire et nombre de processeurs). Depuis janvier 2019, la base de données OMERO est accessible à toutes les équipes des sciences de la vie d’Université Côte d'Azur. L'utilisation croissante de cette solution et la dimension nationale du projet confirment sa réussite et son utilité : depuis son lancement, les nombres de groupes et comptes utilisateurs ont été multipliés par deux et le nombre d’images par cinq - pour atteindre près de 52 000 images stockées. En outre, plus de 140 formats de fichiers d’images sont pris en charge, y compris tous les principaux formats des microscopes commerciaux. Ce projet initialement créé pour les laboratoires de recherche en biologie et santé de la région Côte d’Azur a été étendu au réseau EMBRC France, le Centre national de ressources biologiques marines. Grâce à la synergie des membres de l’équipe, le projet MutImage est en mesure de fournir un outil fonctionnel d’excellente qualité en termes de fonctionnalité et de stockage des images, à une large communauté scientifique.

 

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