Le cycle de vie de l'échantillon : de son identification à sa réutilisation
Nos laboratoires regorgent d’échantillons géologiques, témoins précieux des recherches passées et ressources pour les études futures. Au fil du temps, il peut devenir difficile de les identifier, de retracer leur provenance et leur histoire, ou de retrouver les informations qui leur sont associées.
Assurer leur traçabilité est donc essentiel pour préserver leur valeur scientifique et favoriser leur réutilisation. C’est aussi un enjeu économique et environnemental : mieux connaître les échantillons déjà collectés permet de valoriser les ressources existantes et, lorsque cela est possible, de limiter les prélèvements supplémentaires.
Comment assurer la traçabilité des échantillons et leur réutilisation ? C’est l’ambition du nouveau service IGSN, lancé le 21 octobre dernier, premier maillon de cette traçabilité. Il permet d’attribuer aux échantillons un identifiant pérenne et de publier les métadonnées nécessaires à leur identification, à leur description et à leur découverte. Il a vocation à être complété par une géothèque virtuelle.
Ce nouvel outil constitue une première étape dans la mise en œuvre des travaux du groupe de travail national « Échantillons et données », qui a pour mission de construire un écosystème complet (outils, standards et bonnes pratiques) permettant « la FAIRisation des échantillons géologiques ainsi que des données géochimiques associées produites ».
Pour en parler, nous avons rencontré Christophe Scheffer, ingénieur de recherche à l'OSU OTELO, responsable du pilotage de l’infrastructure de recherche RéGEF, et animateur du groupe de travail « métadonnées des échantillons ».
Quel a été le rôle de votre groupe de travail ?
L’objectif de ce groupe de travail est de mettre à disposition des outils et des bonnes pratiques à destination de la communauté scientifique en Géoscience et Sciences de l’Environnement afin d’assurer que les échantillons géologiques et les données analytiques associées produites en laboratoires répondent aux principes FAIR (Trouvable, Accessible, Interopérable et Réutilisable).
La première étape de ce chantier à consister à développer un outil permettant la déclaration, l’identification et la "trouvabilité" des échantillons géologiques.
Le groupe de travail a donc travaillé à réunir les descripteurs et vocabulaires nécessaires à l’identification et la caractérisation d’un échantillon. Un travail de longue haleine, plus particulièrement ardu pour tout ce qui concerne les typologies de roche, en l’absence de classification acceptée d'un point de vue international. Pour l'instant, le projet n’a traité que les échantillons en Terre solide. Dans un second temps seront intégrés les échantillons d'eau, de glace ou de sol.
Concrètement, comment se présente le service pour qui veut déclarer un échantillon ?
Le service est ouvert à l’ensemble des personnels de l’enseignement supérieur et de la recherche. La recherche et la consultation des échantillons déclarés sont accessibles à toutes et à tous, sans connexion. Pour déclarer un échantillon et lui attribuer un identifiant IGSN, il suffit de créer un compte et de se connecter via la fédération d’identité Renater.
Il existe trois chemins pour déclarer un échantillon, (i) Directement en ligne, via l’interface du service, pour renseigner les informations de chaque échantillon, (ii) par import d’un fichier Excel, à télécharger depuis l’interface et à compléter (cette solution est particulièrement adaptée aux déclarations en nombre important), (iii) et par API, pour connecter le service à des applications métiers tierces et automatiser les échanges de données, par exemple avec la Cyber-carothèque nationale.
Quelle que soit la modalité choisie, les mêmes champs sont proposés, avec un nombre limité de champs obligatoires : nom de l’échantillon, nature, date de collecte, localisation, identité du collecteur, etc. Plusieurs champs facultatifs permettent ensuite de préciser sa description : typologie, âge géologique, contexte scientifique, projet de recherche associé, risques éventuels ... L’idée était de fournir un socle minimal obligatoire pour faciliter la déclaration, complété par des informations facultatives pour enrichir la connaissance de l’échantillon.
La plupart de ces champs sont associés à des vocabulaires contrôlés, validés par le groupe de travail et s’appuyant autant que possible sur des standards internationaux. Ce choix vise à favoriser l’interopérabilité du service avec d’autres outils, en France comme à l’international. Pour renforcer cette interopérabilité, il est demandé à ce que l’ensemble des champs soit renseigné en anglais.
De quoi ce travail était-il le préalable ?
L’objectif de ce service est d’attribuer à chacun des échantillons un numéro IGSN (International Generic Sample Number), qui est une numérotation unique, internationale, pérenne et persistante dans le temps. Ce numéro permet de suivre l’échantillon tout au long de sa vie : du prélèvement sur le terrain aux analyses, aux publications, puis à sa conservation en collection. Les identifiants sont enregistrés auprès de DataCite.
Lorsqu’un échantillon est déclaré et se voit attribuer un identifiant IGSN, une landing page (page de description) est créée. Elle rassemble les métadonnées renseignées lors de la déclaration et permet de consulter les informations relatives à l’échantillon. Accessible via l’interface de recherche, cette page persistante facilite son identification, sa découverte et sa mise en relation avec les données, publications et autres ressources scientifiques associées.
Le service propose également plusieurs options de diffusion adaptées aux besoins des déclarants. Les informations peuvent être publiées avec un embargo, ou la landing page peut être maintenue en accès restreint et exclue de l’indexation par les moteurs de recherche. Ces options permettent notamment d’attribuer un identifiant IGSN à des échantillons sensibles tout en limitant la diffusion publique des informations qui leur sont associées.
Une géothèque virtuelle
Comment accéder physiquement à un échantillon identifié ? « Avant, en tous cas pour les roches, chaque chercheur prélevait et conservait ‘ses’ échantillons. Avec le temps et même pour les plus intéressants et donc étudiés, on ne savait plus trop où ils étaient, peut-être dans les bureaux, peut-être dans une collection locale ? Et très souvent, quand ce scientifique partait à la retraite, on lui disait, "on a besoin de place, fais-en ce que tu veux, sinon on jette tout " » rappelle Michel Grégoire, délégué scientifique du domaine Terre solide, animateur du groupe de travail sur la géothèque virtuelle. « Disons qu'avant, on jetait presque tout. C'était un gaspillage sans nom et coté développement durable, ce n’est pas terrible non plus ! »
« Actuellement, au niveau des labos INSU, c'est très disparate. Il y a des collections qui sont déjà en partie très bien inventoriées, d’autres où on en est encore au tableur Excel et enfin d’autres qui débutent tout juste l’inventaire. De toutes façons, coté collections de roche, nous en sommes encore essentiellement à une "gestion de tiroir" à l'échelle du laboratoire. »
Désormais nous proposons aux scientifiques et à leurs laboratoires d’identifier dans une géothèque locale déjà existante ou en cours de création, une collection regroupant les échantillons les plus intéressants scientifiquement. Nous proposons même un outil pour le faire, qui précise notamment l’endroit où est stocké l’échantillon (le laboratoire, l’OSU, le tiroir exact, etc.), son propriétaire ainsi que d’autres informations essentielles. Cet outil ainsi que ceux déjà en place dans les géothèques locales les plus avancées seront ensuite connectés avec le service IGSN ce qui permettra d’avoir accès à toutes les informations et données existantes sur les échantillons qui apparaitront dans cette « Géothèque Virtuelle ». Et si par exemple, pour profiter de progrès techniques récents, des scientifiques veulent faire de nouvelles analyses sur des échantillons déjà analysés par le passé, ils pourront accéder à l'échantillon physique sans avoir besoin de retourner sur le terrain.
Lien vers le service IGSN-CNRS
Webinaires sur les fonctionnalités d’IGSN-CNRS
Pour découvrir les fonctionnalités d’IGSN-CNRS et vous accompagner dans la prise en main de l’outil, nous vous proposons un webinaire d’une heure, décliné en cinq sessions identiques :
12 novembre 2026, 13h
19 novembre 2026, 13h
4 décembre 2026, 13h
10 décembre 2026, 13h
16 décembre 2026, 13h
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